↑ «Los 53 años de veto del País Vasco a la selección: “No lograrán españolizarnos”». Al año siguiente, se incorpora al club el jugador Juan Román Riquelme, deportivo camiseta que empieza a marcar un nuevo rumbo en la historia del equipo. En la temporada 1999-2000 el club acaba en la tercera posición de Segunda División, tras C. A. Osasuna y la U. D. Las Palmas, logrando así volver a la máxima categoría del fútbol español; ésta fue la primera temporada en la cual ascendieron directamente los tres mejores clasificados de Segunda en detrimento de los tres peores de Primera. El club debió jugar la promoción de descenso ante el Sevilla F. C., perdiendo por 0-2 en El Madrigal y 1-0 en Sevilla, camisetas de colombia despidiéndose así de la Primera División.