Magnífica fue la actuación del equipo en la temporada 1941-1942, en la que conquistó la octava Copa del Campeonato de Cataluña y la cuarta de España. Una vez finalizada la Guerra Civil, las secciones del club se reorganizan nuevamente y a mediados de 1940 empiezan a jugarse partidos amistosos en los campos del Estadio de Montjuich, Diagonal y San Baudilio. Mali volvió a participar en la clasificación para la Copa Africana de Naciones de 1968, esta vez encuadrados junto a Argelia y Alto Volta, terminando eliminados nuevamente por debajo de Argelia; asimismo, para la Copa Africana de Naciones de 1970, en la primera ronda se enfrentaron a Alto Volta, ganando por W.O, ya en la ronda final se midieron ante Costa de Marfil, perdiendo por 4-0 en Abiyán.